Neuropatia autonomiczna przewodu pokarmowego powoduje problemy z trawieniem i wydalaniem. Jest to tak zwana gastropareza. U chorego występują nudności, wymioty, zaparcia lub biegunka. Stosuje się wówczas leki wspomagające czynności przewodu pokarmowego. Wymioty oraz nudności leczy się stosując leki polepszające pracę przewodu pokarmowego pomagające w przesuwaniu się pokarmów. W przypadku biegunki przydatne jest zmniejszenie ilości spożywanego włókna pokarmowego w jedzeniu. Natomiast w zaparciach ważne jest regularne oddawanie stolca oraz stosowanie włókna i lekarstw ziołowych pobudzających perystaltykę jelit.