Najbardziej znanym i chyba najczęstszym objawem neuropatii autonomicznej przewodu pokarmowego jest nocna biegunka cukrzycowa. W pełnym rozwoju choroby pacjenci oddają po kilka stolców, przeważnie w porze nocnej, bez bólu. Niekiedy w ciągu dnia stolce są papkowate, a nawet sformowane, a jedynie nocą wodniste. Nigdy nie zawierają domieszki krwi czy ropy. Spostrzegane są samoistne remisje. Najczęściej jednak biegunka utrzymuje się stale, ale o mniejszym nasileniu.